Zinc in the structure of Solution Structure Of The C-Terminal Zinc Binding Domain of the HPV16 E6 Oncoprotein (pdb 2fk4)

The binding sites of Zinc atom in the structure of Solution Structure Of The C-Terminal Zinc Binding Domain of the HPV16 E6 Oncoprotein (pdb code 2fk4). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Zinc atom. The 2fk4 structure was solved by Y.NOMINE, S.CHARBONNIER, with NMR in Solution technique. Zinc Binding Sites: Zinc binding site 1 out of 1 in 2fk4 Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Zinc in the PDB 2fk4. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Zinc atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Cys26, A: Ile27, A: Asn28, A: Cys29, A: Gln30, A: Arg58, A: Cys59, A: Cys62, A: Cys26, A: Ile27, A: Asn28, A: Cys29, A: Cys59, A: Met60, A: Cys62, A: Cys26, A: Ile27, A: Asn28, A: Cys29, A: Arg58, A: Cys59, A: Cys62, A: Arg67, A: Cys26, A: Ile27, A: Asn28, A: Cys29, A: Lys31, A: Arg58, A: Cys59, A: Cys62, A: Cys26, A: Ile27, A: Asn28, A: Cys29, A: Gln30, A: Cys59, A: Cys62, A: Cys26, A: Ile27, A: Asn28, A: Cys29, A: Arg58, A: Cys59, A: Ser61, A: Cys62, A: Cys26, A: Asn28, A: Cys29, A: Arg58, A: Cys59, A: Ser61, A: Cys62, A: Cys26, A: Ile27, A: Asn28, A: Cys29, A: Cys59, A: Cys62, A: Cys26, A: Ile27, A: Asn28, A: Cys29, A: Cys59, A: Cys62, A: Cys26, A: Ile27, A: Asn28, A: Cys29, A: Arg58, A: Cys59, A: Met60, A: Ser61, A: Cys62, conact list: Atom Atom Distance (A) Zn HB2 A:Cys26 4.04 Zn CB A:Cys26 3.32 Zn HB3 A:Cys26 3.06 Zn HA A:Cys26 4.24 Zn SG A:Cys26 2.30 Zn C A:Cys26 4.91 Zn CA A:Cys26 4.36 Zn N A:Ile27 4.96 Zn HG22 A:Ile27 4.66 Zn H A:Ile27 4.61 Zn HD21 A:Asn28 3.59 Zn N A:Asn28 4.72 Zn HD22 A:Asn28 3.25 Zn HB3 A:Asn28 4.99 Zn ND2 A:Asn28 3.47 Zn OD1 A:Asn28 4.51 Zn C A:Asn28 4.84 Zn CG A:Asn28 4.14 Zn H A:Asn28 3.84 Zn HB2 A:Cys29 3.10 Zn N A:Cys29 3.73 Zn CB A:Cys29 3.31 Zn HB3 A:Cys29 4.13 Zn HA A:Cys29 4.77 Zn SG A:Cys29 2.29 Zn H A:Cys29 2.89 Zn CA A:Cys29 4.15 Zn H A:Gln30 4.70 Zn C A:Arg58 4.97 Zn HG2 A:Arg58 4.24 Zn O A:Arg58 4.92 Zn O A:Cys59 4.31 Zn HB2 A:Cys59 3.40 Zn N A:Cys59 4.29 Zn CB A:Cys59 3.24 Zn HB3 A:Cys59 4.23 Zn HA A:Cys59 2.51 Zn SG A:Cys59 2.29 Zn H A:Cys59 4.67 Zn C A:Cys59 4.32 Zn CA A:Cys59 3.31 Zn HB2 A:Cys62 3.27 Zn CB A:Cys62 3.33 Zn HB3 A:Cys62 3.61 Zn SG A:Cys62 2.30 Zn H A:Cys62 4.53 Zn CA A:Cys62 4.71 Zn HB2 A:Cys26 4.04 Zn CB A:Cys26 3.32 Zn HB3 A:Cys26 3.06 Zn HA A:Cys26 4.24 Zn SG A:Cys26 2.30 Zn C A:Cys26 4.91 Zn CA A:Cys26 4.36 Zn N A:Ile27 4.96 Zn HG22 A:Ile27 4.66 Zn H A:Ile27 4.61 Zn HD21 A:Asn28 3.59 Zn N A:Asn28 4.72 Zn HD22 A:Asn28 3.25 Zn HB3 A:Asn28 4.99 Zn ND2 A:Asn28 3.47 Zn OD1 A:Asn28 4.51 Zn C A:Asn28 4.84 Zn CG A:Asn28 4.14 Zn H A:Asn28 3.84 Zn HB2 A:Cys29 3.10 Zn N A:Cys29 3.73 Zn CB A:Cys29 3.31 Zn HB3 A:Cys29 4.13 Zn HA A:Cys29 4.77 Zn SG A:Cys29 2.29 Zn H A:Cys29 2.89 Zn CA A:Cys29 4.15 Zn O A:Cys59 4.31 Zn HB2 A:Cys59 3.40 Zn N A:Cys59 4.29 Zn CB A:Cys59 3.24 Zn HB3 A:Cys59 4.23 Zn HA A:Cys59 2.51 Zn SG A:Cys59 2.29 Zn H A:Cys59 4.67 Zn C A:Cys59 4.32 Zn CA A:Cys59 3.31 Zn HB2 A:Cys62 3.27 Zn CB A:Cys62 3.33 Zn HB3 A:Cys62 3.61 Zn SG A:Cys62 2.30 Zn H A:Cys62 4.53 Zn CA A:Cys62 4.71 Zn HB2 A:Cys26 4.04 Zn CB A:Cys26 3.32 Zn HB3 A:Cys26 3.06 Zn HA A:Cys26 4.24 Zn SG A:Cys26 2.30 Zn C A:Cys26 4.91 Zn CA A:Cys26 4.36 Zn N A:Ile27 4.96 Zn HG22 A:Ile27 4.66 Zn H A:Ile27 4.61 Zn HD21 A:Asn28 3.59 Zn N A:Asn28 4.72 Zn HD22 A:Asn28 3.25 Zn HB3 A:Asn28 4.99 Zn ND2 A:Asn28 3.47 Zn OD1 A:Asn28 4.51 Zn C A:Asn28 4.84 Zn CG A:Asn28 4.14 Zn H A:Asn28 3.84 Zn HB2 A:Cys29 3.10 Zn N A:Cys29 3.73 Zn CB A:Cys29 3.31 Zn HB3 A:Cys29 4.13 Zn HA A:Cys29 4.77 Zn SG A:Cys29 2.29 Zn H A:Cys29 2.89 Zn CA A:Cys29 4.15 Zn C A:Arg58 4.97 Zn HG2 A:Arg58 4.24 Zn O A:Arg58 4.92 Zn O A:Cys59 4.31 Zn HB2 A:Cys59 3.40 Zn N A:Cys59 4.29 Zn CB A:Cys59 3.24 Zn HB3 A:Cys59 4.23 Zn HA A:Cys59 2.51 Zn SG A:Cys59 2.29 Zn H A:Cys59 4.67 Zn C A:Cys59 4.32 Zn CA A:Cys59 3.31 Zn HB2 A:Cys62 3.27 Zn CB A:Cys62 3.33 Zn HB3 A:Cys62 3.61 Zn SG A:Cys62 2.30 Zn H A:Cys62 4.53 Zn CA A:Cys62 4.71 Zn HB2 A:Cys26 4.04 Zn CB A:Cys26 3.32 Zn HB3 A:Cys26 3.06 Zn HA A:Cys26 4.24 Zn SG A:Cys26 2.30 Zn C A:Cys26 4.91 Zn CA A:Cys26 4.36 Zn N A:Ile27 4.96 Zn HG22 A:Ile27 4.66 Zn H A:Ile27 4.61 Zn HD21 A:Asn28 3.59 Zn N A:Asn28 4.72 Zn HD22 A:Asn28 3.25 Zn HB3 A:Asn28 4.99 Zn ND2 A:Asn28 3.47 Zn OD1 A:Asn28 4.51 Zn C A:Asn28 4.84 Zn CG A:Asn28 4.14 Zn H A:Asn28 3.84 Zn HB2 A:Cys29 3.10 Zn N A:Cys29 3.73 Zn CB A:Cys29 3.31 Zn HB3 A:Cys29 4.13 Zn HA A:Cys29 4.77 Zn SG A:Cys29 2.29 Zn H A:Cys29 2.89 Zn CA A:Cys29 4.15 Zn C A:Arg58 4.97 Zn HG2 A:Arg58 4.24 Zn O A:Arg58 4.92 Zn O A:Cys59 4.31 Zn HB2 A:Cys59 3.40 Zn N A:Cys59 4.29 Zn CB A:Cys59 3.24 Zn HB3 A:Cys59 4.23 Zn HA A:Cys59 2.51 Zn SG A:Cys59 2.29 Zn H A:Cys59 4.67 Zn C A:Cys59 4.32 Zn CA A:Cys59 3.31 Zn HB2 A:Cys62 3.27 Zn CB A:Cys62 3.33 Zn HB3 A:Cys62 3.61 Zn SG A:Cys62 2.30 Zn H A:Cys62 4.53 Zn CA A:Cys62 4.71 Zn HB2 A:Cys26 4.04 Zn CB A:Cys26 3.32 Zn HB3 A:Cys26 3.06 Zn HA A:Cys26 4.24 Zn SG A:Cys26 2.30 Zn C A:Cys26 4.91 Zn CA A:Cys26 4.36 Zn N A:Ile27 4.96 Zn HG22 A:Ile27 4.66 Zn H A:Ile27 4.61 Zn HD21 A:Asn28 3.59 Zn N A:Asn28 4.72 Zn HD22 A:Asn28 3.25 Zn HB3 A:Asn28 4.99 Zn ND2 A:Asn28 3.47 Zn OD1 A:Asn28 4.51 Zn C A:Asn28 4.84 Zn CG A:Asn28 4.14 Zn H A:Asn28 3.84 Zn HB2 A:Cys29 3.10 Zn N A:Cys29 3.73 Zn CB A:Cys29 3.31 Zn HB3 A:Cys29 4.13 Zn HA A:Cys29 4.77 Zn SG A:Cys29 2.29 Zn H A:Cys29 2.89 Zn CA A:Cys29 4.15 Zn H A:Gln30 4.70 Zn O A:Cys59 4.31 Zn HB2 A:Cys59 3.40 Zn N A:Cys59 4.29 Zn CB A:Cys59 3.24 Zn HB3 A:Cys59 4.23 Zn HA A:Cys59 2.51 Zn SG A:Cys59 2.29 Zn H A:Cys59 4.67 Zn C A:Cys59 4.32 Zn CA A:Cys59 3.31 Zn HB2 A:Cys62 3.27 Zn CB A:Cys62 3.33 Zn HB3 A:Cys62 3.61 Zn SG A:Cys62 2.30 Zn H A:Cys62 4.53 Zn CA A:Cys62 4.71 Zn HB2 A:Cys26 4.04 Zn CB A:Cys26 3.32 Zn HB3 A:Cys26 3.06 Zn HA A:Cys26 4.24 Zn SG A:Cys26 2.30 Zn C A:Cys26 4.91 Zn CA A:Cys26 4.36 Zn N A:Ile27 4.96 Zn HG22 A:Ile27 4.66 Zn H A:Ile27 4.61 Zn HD21 A:Asn28 3.59 Zn N A:Asn28 4.72 Zn HD22 A:Asn28 3.25 Zn HB3 A:Asn28 4.99 Zn ND2 A:Asn28 3.47 Zn OD1 A:Asn28 4.51 Zn C A:Asn28 4.84 Zn CG A:Asn28 4.14 Zn H A:Asn28 3.84 Zn HB2 A:Cys29 3.10 Zn N A:Cys29 3.73 Zn CB A:Cys29 3.31 Zn HB3 A:Cys29 4.13 Zn HA A:Cys29 4.77 Zn SG A:Cys29 2.29 Zn H A:Cys29 2.89 Zn CA A:Cys29 4.15 Zn C A:Arg58 4.97 Zn HG2 A:Arg58 4.24 Zn O A:Arg58 4.92 Zn O A:Cys59 4.31 Zn HB2 A:Cys59 3.40 Zn N A:Cys59 4.29 Zn CB A:Cys59 3.24 Zn HB3 A:Cys59 4.23 Zn HA A:Cys59 2.51 Zn SG A:Cys59 2.29 Zn H A:Cys59 4.67 Zn C A:Cys59 4.32 Zn CA A:Cys59 3.31 Zn HB2 A:Cys62 3.27 Zn CB A:Cys62 3.33 Zn HB3 A:Cys62 3.61 Zn SG A:Cys62 2.30 Zn H A:Cys62 4.53 Zn CA A:Cys62 4.71 Zn HB2 A:Cys26 4.04 Zn CB A:Cys26 3.32 Zn HB3 A:Cys26 3.06 Zn HA A:Cys26 4.24 Zn SG A:Cys26 2.30 Zn C A:Cys26 4.91 Zn CA A:Cys26 4.36 Zn HD21 A:Asn28 3.59 Zn N A:Asn28 4.72 Zn HD22 A:Asn28 3.25 Zn HB3 A:Asn28 4.99 Zn ND2 A:Asn28 3.47 Zn OD1 A:Asn28 4.51 Zn C A:Asn28 4.84 Zn CG A:Asn28 4.14 Zn H A:Asn28 3.84 Zn HB2 A:Cys29 3.10 Zn N A:Cys29 3.73 Zn CB A:Cys29 3.31 Zn HB3 A:Cys29 4.13 Zn HA A:Cys29 4.77 Zn SG A:Cys29 2.29 Zn H A:Cys29 2.89 Zn CA A:Cys29 4.15 Zn C A:Arg58 4.97 Zn HG2 A:Arg58 4.24 Zn O A:Arg58 4.92 Zn O A:Cys59 4.31 Zn HB2 A:Cys59 3.40 Zn N A:Cys59 4.29 Zn CB A:Cys59 3.24 Zn HB3 A:Cys59 4.23 Zn HA A:Cys59 2.51 Zn SG A:Cys59 2.29 Zn H A:Cys59 4.67 Zn C A:Cys59 4.32 Zn CA A:Cys59 3.31 Zn HB2 A:Cys62 3.27 Zn CB A:Cys62 3.33 Zn HB3 A:Cys62 3.61 Zn SG A:Cys62 2.30 Zn H A:Cys62 4.53 Zn CA A:Cys62 4.71 Zn HB2 A:Cys26 4.04 Zn CB A:Cys26 3.32 Zn HB3 A:Cys26 3.06 Zn HA A:Cys26 4.24 Zn SG A:Cys26 2.30 Zn C A:Cys26 4.91 Zn CA A:Cys26 4.36 Zn N A:Ile27 4.96 Zn HG22 A:Ile27 4.66 Zn H A:Ile27 4.61 Zn HD21 A:Asn28 3.59 Zn N A:Asn28 4.72 Zn HD22 A:Asn28 3.25 Zn HB3 A:Asn28 4.99 Zn ND2 A:Asn28 3.47 Zn OD1 A:Asn28 4.51 Zn C A:Asn28 4.84 Zn CG A:Asn28 4.14 Zn H A:Asn28 3.84 Zn HB2 A:Cys29 3.10 Zn N A:Cys29 3.73 Zn CB A:Cys29 3.31 Zn HB3 A:Cys29 4.13 Zn HA A:Cys29 4.77 Zn SG A:Cys29 2.29 Zn H A:Cys29 2.89 Zn CA A:Cys29 4.15 Zn O A:Cys59 4.31 Zn HB2 A:Cys59 3.40 Zn N A:Cys59 4.29 Zn CB A:Cys59 3.24 Zn HB3 A:Cys59 4.23 Zn HA A:Cys59 2.51 Zn SG A:Cys59 2.29 Zn H A:Cys59 4.67 Zn C A:Cys59 4.32 Zn CA A:Cys59 3.31 Zn HB2 A:Cys62 3.27 Zn CB A:Cys62 3.33 Zn HB3 A:Cys62 3.61 Zn SG A:Cys62 2.30 Zn H A:Cys62 4.53 Zn CA A:Cys62 4.71 Zn HB2 A:Cys26 4.04 Zn CB A:Cys26 3.32 Zn HB3 A:Cys26 3.06 Zn HA A:Cys26 4.24 Zn SG A:Cys26 2.30 Zn C A:Cys26 4.91 Zn CA A:Cys26 4.36 Zn N A:Ile27 4.96 Zn HG22 A:Ile27 4.66 Zn H A:Ile27 4.61 Zn HD21 A:Asn28 3.59 Zn N A:Asn28 4.72 Zn HD22 A:Asn28 3.25 Zn HB3 A:Asn28 4.99 Zn ND2 A:Asn28 3.47 Zn OD1 A:Asn28 4.51 Zn C A:Asn28 4.84 Zn CG A:Asn28 4.14 Zn H A:Asn28 3.84 Zn HB2 A:Cys29 3.10 Zn N A:Cys29 3.73 Zn CB A:Cys29 3.31 Zn HB3 A:Cys29 4.13 Zn HA A:Cys29 4.77 Zn SG A:Cys29 2.29 Zn H A:Cys29 2.89 Zn CA A:Cys29 4.15 Zn O A:Cys59 4.31 Zn HB2 A:Cys59 3.40 Zn N A:Cys59 4.29 Zn CB A:Cys59 3.24 Zn HB3 A:Cys59 4.23 Zn HA A:Cys59 2.51 Zn SG A:Cys59 2.29 Zn H A:Cys59 4.67 Zn C A:Cys59 4.32 Zn CA A:Cys59 3.31 Zn HB2 A:Cys62 3.27 Zn CB A:Cys62 3.33 Zn HB3 A:Cys62 3.61 Zn SG A:Cys62 2.30 Zn H A:Cys62 4.53 Zn CA A:Cys62 4.71 Zn HB2 A:Cys26 4.04 Zn CB A:Cys26 3.32 Zn HB3 A:Cys26 3.06 Zn HA A:Cys26 4.24 Zn SG A:Cys26 2.30 Zn C A:Cys26 4.91 Zn CA A:Cys26 4.36 Zn N A:Ile27 4.96 Zn HG22 A:Ile27 4.66 Zn H A:Ile27 4.61 Zn HD21 A:Asn28 3.59 Zn N A:Asn28 4.72 Zn HD22 A:Asn28 3.25 Zn HB3 A:Asn28 4.99 Zn ND2 A:Asn28 3.47 Zn OD1 A:Asn28 4.51 Zn C A:Asn28 4.84 Zn CG A:Asn28 4.14 Zn H A:Asn28 3.84 Zn HB2 A:Cys29 3.10 Zn N A:Cys29 3.73 Zn CB A:Cys29 3.31 Zn HB3 A:Cys29 4.13 Zn HA A:Cys29 4.77 Zn SG A:Cys29 2.29 Zn H A:Cys29 2.89 Zn CA A:Cys29 4.15 Zn C A:Arg58 4.97 Zn HG2 A:Arg58 4.24 Zn O A:Arg58 4.92 Zn O A:Cys59 4.31 Zn HB2 A:Cys59 3.40 Zn N A:Cys59 4.29 Zn CB A:Cys59 3.24 Zn HB3 A:Cys59 4.23 Zn HA A:Cys59 2.51 Zn SG A:Cys59 2.29 Zn H A:Cys59 4.67 Zn C A:Cys59 4.32 Zn CA A:Cys59 3.31 Zn HB2 A:Cys62 3.27 Zn CB A:Cys62 3.33 Zn HB3 A:Cys62 3.61 Zn SG A:Cys62 2.30 Zn H A:Cys62 4.53 Zn CA A:Cys62 4.71 interactive model: