Zinc in the structure of Solution Structure of Iron-Sulfur Cluster Assembly Protein Sufu From Bacillus Subtilis, With Zinc Bound At the Active Site. Northeast Structural Genomics Consortium Target SR17 (pdb 2azh)

The binding sites of Zinc atom in the structure of Solution Structure of Iron-Sulfur Cluster Assembly Protein Sufu From Bacillus Subtilis, With Zinc Bound At the Active Site. Northeast Structural Genomics Consortium Target SR17 (pdb code 2azh). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Zinc atom. The 2azh structure was solved by G.J.KORNHABER, G.V.T.SWAPNA, T.A.RAMELOT, J.R.CORT, J.M.ARAMINI, M.A.KENNEDY, G.T.MONTELIONE, NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICSCONSORTIUM (NESG), with NMR in Solution technique. Zinc Binding Sites: Zinc binding site 1 out of 1 in 2azh Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Zinc in the PDB 2azh. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Zinc atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Asn38, A: Cys41, A: Asp43, A: Cys66, A: Ser69, A: Ala124, A: Arg125, A: Cys128, A: Leu131, A: Asn38, A: Pro39, A: Thr40, A: Cys41, A: Cys66, A: Ile68, A: Arg125, A: Cys128, A: Asn38, A: Cys41, A: Asp43, A: Cys66, A: Ile68, A: Ala124, A: Arg125, A: Cys128, A: Leu131, A: Asn38, A: Thr40, A: Cys41, A: Asp43, A: Cys66, A: Ser69, A: Arg125, A: Lys127, A: Cys128, A: Leu131, A: Cys41, A: Gly42, A: Cys66, A: Ile68, A: Ser69, A: Ala124, A: Arg125, A: Cys128, A: Leu131, A: Cys41, A: Gly42, A: Cys66, A: Ile68, A: Ser69, A: Lys127, A: Cys128, A: Leu131, A: Asn38, A: Cys41, A: Gly42, A: Cys66, A: Ser69, A: Ala124, A: Arg125, A: Cys128, A: Asn38, A: Cys41, A: Gly42, A: Cys66, A: Ile68, A: Ala124, A: Arg125, A: Cys128, A: Leu131, A: Cys41, A: Gly42, A: Cys66, A: Ile68, A: Ser69, A: Cys128, A: Leu131, A: Cys41, A: Gly42, A: Cys66, A: Ile68, A: Ser69, A: Lys127, A: Cys128, conact list: Atom Atom Distance (A) Zn HB3 A:Asn38 4.52 Zn OD1 A:Asn38 4.29 Zn CG A:Asn38 4.64 Zn HB2 A:Cys41 3.19 Zn HG A:Cys41 3.73 Zn CB A:Cys41 3.31 Zn HB3 A:Cys41 3.39 Zn SG A:Cys41 2.53 Zn CA A:Cys41 4.79 Zn HB2 A:Asp43 3.94 Zn CB A:Asp43 3.98 Zn HB3 A:Asp43 4.53 Zn OD2 A:Asp43 1.61 Zn H A:Asp43 4.52 Zn OD1 A:Asp43 3.23 Zn CG A:Asp43 2.72 Zn HB2 A:Cys66 3.77 Zn HG A:Cys66 3.16 Zn N A:Cys66 4.77 Zn CB A:Cys66 3.78 Zn HB3 A:Cys66 4.35 Zn SG A:Cys66 2.29 Zn H A:Cys66 4.19 Zn CA A:Cys66 4.86 Zn OG A:Ser69 4.59 Zn O A:Ala124 4.69 Zn HA A:Arg125 4.76 Zn HB2 A:Cys128 4.18 Zn HG A:Cys128 2.85 Zn CB A:Cys128 3.69 Zn HB3 A:Cys128 3.82 Zn HA A:Cys128 4.74 Zn SG A:Cys128 2.11 Zn CA A:Cys128 4.80 Zn HD23 A:Leu131 4.42 Zn HB3 A:Asn38 4.52 Zn OD1 A:Asn38 4.29 Zn CG A:Asn38 4.64 Zn HB2 A:Cys41 3.19 Zn HG A:Cys41 3.73 Zn CB A:Cys41 3.31 Zn HB3 A:Cys41 3.39 Zn SG A:Cys41 2.53 Zn CA A:Cys41 4.79 Zn HB2 A:Cys66 3.77 Zn HG A:Cys66 3.16 Zn N A:Cys66 4.77 Zn CB A:Cys66 3.78 Zn HB3 A:Cys66 4.35 Zn SG A:Cys66 2.29 Zn H A:Cys66 4.19 Zn CA A:Cys66 4.86 Zn HA A:Arg125 4.76 Zn HB2 A:Cys128 4.18 Zn HG A:Cys128 2.85 Zn CB A:Cys128 3.69 Zn HB3 A:Cys128 3.82 Zn HA A:Cys128 4.74 Zn SG A:Cys128 2.11 Zn CA A:Cys128 4.80 Zn HB3 A:Asn38 4.52 Zn OD1 A:Asn38 4.29 Zn CG A:Asn38 4.64 Zn HB2 A:Cys41 3.19 Zn HG A:Cys41 3.73 Zn CB A:Cys41 3.31 Zn HB3 A:Cys41 3.39 Zn SG A:Cys41 2.53 Zn CA A:Cys41 4.79 Zn HB2 A:Asp43 3.94 Zn CB A:Asp43 3.98 Zn HB3 A:Asp43 4.53 Zn OD2 A:Asp43 1.61 Zn H A:Asp43 4.52 Zn OD1 A:Asp43 3.23 Zn CG A:Asp43 2.72 Zn HB2 A:Cys66 3.77 Zn HG A:Cys66 3.16 Zn N A:Cys66 4.77 Zn CB A:Cys66 3.78 Zn HB3 A:Cys66 4.35 Zn SG A:Cys66 2.29 Zn H A:Cys66 4.19 Zn CA A:Cys66 4.86 Zn O A:Ala124 4.69 Zn HA A:Arg125 4.76 Zn HB2 A:Cys128 4.18 Zn HG A:Cys128 2.85 Zn CB A:Cys128 3.69 Zn HB3 A:Cys128 3.82 Zn HA A:Cys128 4.74 Zn SG A:Cys128 2.11 Zn CA A:Cys128 4.80 Zn HD23 A:Leu131 4.42 Zn HB3 A:Asn38 4.52 Zn OD1 A:Asn38 4.29 Zn CG A:Asn38 4.64 Zn HB2 A:Cys41 3.19 Zn HG A:Cys41 3.73 Zn CB A:Cys41 3.31 Zn HB3 A:Cys41 3.39 Zn SG A:Cys41 2.53 Zn CA A:Cys41 4.79 Zn HB2 A:Asp43 3.94 Zn CB A:Asp43 3.98 Zn HB3 A:Asp43 4.53 Zn OD2 A:Asp43 1.61 Zn H A:Asp43 4.52 Zn OD1 A:Asp43 3.23 Zn CG A:Asp43 2.72 Zn HB2 A:Cys66 3.77 Zn HG A:Cys66 3.16 Zn N A:Cys66 4.77 Zn CB A:Cys66 3.78 Zn HB3 A:Cys66 4.35 Zn SG A:Cys66 2.29 Zn H A:Cys66 4.19 Zn CA A:Cys66 4.86 Zn OG A:Ser69 4.59 Zn HA A:Arg125 4.76 Zn HB2 A:Cys128 4.18 Zn HG A:Cys128 2.85 Zn CB A:Cys128 3.69 Zn HB3 A:Cys128 3.82 Zn HA A:Cys128 4.74 Zn SG A:Cys128 2.11 Zn CA A:Cys128 4.80 Zn HD23 A:Leu131 4.42 Zn HB2 A:Cys41 3.19 Zn HG A:Cys41 3.73 Zn CB A:Cys41 3.31 Zn HB3 A:Cys41 3.39 Zn SG A:Cys41 2.53 Zn CA A:Cys41 4.79 Zn HB2 A:Cys66 3.77 Zn HG A:Cys66 3.16 Zn N A:Cys66 4.77 Zn CB A:Cys66 3.78 Zn HB3 A:Cys66 4.35 Zn SG A:Cys66 2.29 Zn H A:Cys66 4.19 Zn CA A:Cys66 4.86 Zn OG A:Ser69 4.59 Zn O A:Ala124 4.69 Zn HA A:Arg125 4.76 Zn HB2 A:Cys128 4.18 Zn HG A:Cys128 2.85 Zn CB A:Cys128 3.69 Zn HB3 A:Cys128 3.82 Zn HA A:Cys128 4.74 Zn SG A:Cys128 2.11 Zn CA A:Cys128 4.80 Zn HD23 A:Leu131 4.42 Zn HB2 A:Cys41 3.19 Zn HG A:Cys41 3.73 Zn CB A:Cys41 3.31 Zn HB3 A:Cys41 3.39 Zn SG A:Cys41 2.53 Zn CA A:Cys41 4.79 Zn HB2 A:Cys66 3.77 Zn HG A:Cys66 3.16 Zn N A:Cys66 4.77 Zn CB A:Cys66 3.78 Zn HB3 A:Cys66 4.35 Zn SG A:Cys66 2.29 Zn H A:Cys66 4.19 Zn CA A:Cys66 4.86 Zn OG A:Ser69 4.59 Zn HB2 A:Cys128 4.18 Zn HG A:Cys128 2.85 Zn CB A:Cys128 3.69 Zn HB3 A:Cys128 3.82 Zn HA A:Cys128 4.74 Zn SG A:Cys128 2.11 Zn CA A:Cys128 4.80 Zn HD23 A:Leu131 4.42 Zn HB3 A:Asn38 4.52 Zn OD1 A:Asn38 4.29 Zn CG A:Asn38 4.64 Zn HB2 A:Cys41 3.19 Zn HG A:Cys41 3.73 Zn CB A:Cys41 3.31 Zn HB3 A:Cys41 3.39 Zn SG A:Cys41 2.53 Zn CA A:Cys41 4.79 Zn HB2 A:Cys66 3.77 Zn HG A:Cys66 3.16 Zn N A:Cys66 4.77 Zn CB A:Cys66 3.78 Zn HB3 A:Cys66 4.35 Zn SG A:Cys66 2.29 Zn H A:Cys66 4.19 Zn CA A:Cys66 4.86 Zn OG A:Ser69 4.59 Zn O A:Ala124 4.69 Zn HA A:Arg125 4.76 Zn HB2 A:Cys128 4.18 Zn HG A:Cys128 2.85 Zn CB A:Cys128 3.69 Zn HB3 A:Cys128 3.82 Zn HA A:Cys128 4.74 Zn SG A:Cys128 2.11 Zn CA A:Cys128 4.80 Zn HB3 A:Asn38 4.52 Zn OD1 A:Asn38 4.29 Zn CG A:Asn38 4.64 Zn HB2 A:Cys41 3.19 Zn HG A:Cys41 3.73 Zn CB A:Cys41 3.31 Zn HB3 A:Cys41 3.39 Zn SG A:Cys41 2.53 Zn CA A:Cys41 4.79 Zn HB2 A:Cys66 3.77 Zn HG A:Cys66 3.16 Zn N A:Cys66 4.77 Zn CB A:Cys66 3.78 Zn HB3 A:Cys66 4.35 Zn SG A:Cys66 2.29 Zn H A:Cys66 4.19 Zn CA A:Cys66 4.86 Zn O A:Ala124 4.69 Zn HA A:Arg125 4.76 Zn HB2 A:Cys128 4.18 Zn HG A:Cys128 2.85 Zn CB A:Cys128 3.69 Zn HB3 A:Cys128 3.82 Zn HA A:Cys128 4.74 Zn SG A:Cys128 2.11 Zn CA A:Cys128 4.80 Zn HD23 A:Leu131 4.42 Zn HB2 A:Cys41 3.19 Zn HG A:Cys41 3.73 Zn CB A:Cys41 3.31 Zn HB3 A:Cys41 3.39 Zn SG A:Cys41 2.53 Zn CA A:Cys41 4.79 Zn HB2 A:Cys66 3.77 Zn HG A:Cys66 3.16 Zn N A:Cys66 4.77 Zn CB A:Cys66 3.78 Zn HB3 A:Cys66 4.35 Zn SG A:Cys66 2.29 Zn H A:Cys66 4.19 Zn CA A:Cys66 4.86 Zn OG A:Ser69 4.59 Zn HB2 A:Cys128 4.18 Zn HG A:Cys128 2.85 Zn CB A:Cys128 3.69 Zn HB3 A:Cys128 3.82 Zn HA A:Cys128 4.74 Zn SG A:Cys128 2.11 Zn CA A:Cys128 4.80 Zn HD23 A:Leu131 4.42 Zn HB2 A:Cys41 3.19 Zn HG A:Cys41 3.73 Zn CB A:Cys41 3.31 Zn HB3 A:Cys41 3.39 Zn SG A:Cys41 2.53 Zn CA A:Cys41 4.79 Zn HB2 A:Cys66 3.77 Zn HG A:Cys66 3.16 Zn N A:Cys66 4.77 Zn CB A:Cys66 3.78 Zn HB3 A:Cys66 4.35 Zn SG A:Cys66 2.29 Zn H A:Cys66 4.19 Zn CA A:Cys66 4.86 Zn OG A:Ser69 4.59 Zn HB2 A:Cys128 4.18 Zn HG A:Cys128 2.85 Zn CB A:Cys128 3.69 Zn HB3 A:Cys128 3.82 Zn HA A:Cys128 4.74 Zn SG A:Cys128 2.11 Zn CA A:Cys128 4.80 interactive model: