Zinc in the structure of Peptide Deformylase Catalytic Core (Residues 1-147), uc(Nmr), 9 Structures (pdb 1def)

The binding sites of Zinc atom in the structure of Peptide Deformylase Catalytic Core (Residues 1-147), uc(Nmr), 9 Structures (pdb code 1def). This binding sites where shown with 5.0 Angstroms radius around Zinc atom. The 1def structure was solved by T.MEINNEL, F.DARDEL, with NMR in Solution technique. Zinc Binding Sites: Zinc binding site 1 out of 1 in 1def Click to enlarge Click to enlarge Mono- and Stereo- picture of 5.0 Angstrom coordination sphere 1 of Zinc in the PDB 1def. Coordination sphere was calculated for all residues within 5.0 Angstroms distance from the central Zinc atom, shown by VdW sphere Residues shown as a stick model or VDW spheres: A: Ile44, A: Gly45, A: Leu46, A: Ile86, A: Glu88, A: Gly89, A: Cys90, A: His132, A: Glu133, A: His136, A: Ile44, A: Gly45, A: Ala47, A: Ile86, A: Glu88, A: Gly89, A: Cys90, A: Leu91, A: His132, A: Glu133, A: His136, A: Gly43, A: Ile44, A: Ile86, A: Glu88, A: Gly89, A: Cys90, A: Leu91, A: His132, A: Glu133, A: His136, A: Phe142, A: Gly45, A: Ile86, A: Glu88, A: Gly89, A: Cys90, A: Leu91, A: His132, A: Glu133, A: His136, A: Ile44, A: Ile86, A: Glu88, A: Gly89, A: Cys90, A: Leu91, A: His132, A: Glu133, A: His136, A: Ile44, A: Gly45, A: Ile86, A: Glu88, A: Gly89, A: Cys90, A: Leu91, A: His132, A: Glu133, A: His136, A: Ile44, A: Gly45, A: Leu46, A: Ile86, A: Glu88, A: Gly89, A: Cys90, A: His132, A: Glu133, A: His136, A: Ile44, A: Gly45, A: Leu46, A: Ile86, A: Glu88, A: Gly89, A: Cys90, A: Leu91, A: His132, A: Glu133, A: His136, A: Ile44, A: Gly45, A: Ile86, A: Glu87, A: Glu88, A: Gly89, A: Cys90, A: Leu91, A: His132, A: Glu133, A: His136, conact list: Atom Atom Distance (A) Zn C A:Ile44 4.70 Zn O A:Ile44 3.95 Zn O A:Gly45 4.16 Zn N A:Gly45 4.61 Zn HA2 A:Gly45 3.73 Zn C A:Gly45 3.94 Zn CA A:Gly45 3.47 Zn HA3 A:Gly45 2.50 Zn N A:Leu46 4.65 Zn O A:Leu46 4.47 Zn H A:Leu46 4.85 Zn HG13 A:Ile86 3.38 Zn HG12 A:Ile86 4.08 Zn CD1 A:Ile86 4.39 Zn CG1 A:Ile86 4.14 Zn HD13 A:Ile86 4.71 Zn HD12 A:Ile86 3.70 Zn HB2 A:Glu88 2.83 Zn OE1 A:Glu88 3.08 Zn HG3 A:Glu88 2.08 Zn CB A:Glu88 2.64 Zn HB3 A:Glu88 2.12 Zn OE2 A:Glu88 4.46 Zn CD A:Glu88 3.32 Zn C A:Glu88 4.80 Zn CG A:Glu88 2.67 Zn CA A:Glu88 4.09 Zn HG2 A:Glu88 3.63 Zn HA A:Glu88 4.41 Zn N A:Gly89 4.42 Zn H A:Gly89 3.58 Zn HB2 A:Cys90 3.14 Zn N A:Cys90 4.40 Zn CB A:Cys90 3.44 Zn HB3 A:Cys90 4.09 Zn HA A:Cys90 4.57 Zn SG A:Cys90 2.30 Zn H A:Cys90 3.60 Zn CA A:Cys90 4.50 Zn CD2 A:His132 3.04 Zn HD1 A:His132 4.95 Zn CG A:His132 4.20 Zn HD2 A:His132 3.38 Zn NE2 A:His132 2.00 Zn HE1 A:His132 3.09 Zn ND1 A:His132 4.08 Zn CE1 A:His132 2.94 Zn OE1 A:Glu133 4.33 Zn HA A:Glu133 4.64 Zn CD2 A:His136 3.21 Zn HD1 A:His136 4.50 Zn CG A:His136 4.07 Zn HD2 A:His136 3.78 Zn NE2 A:His136 1.99 Zn HE1 A:His136 2.38 Zn ND1 A:His136 3.72 Zn CE1 A:His136 2.48 Zn C A:Ile44 4.70 Zn O A:Ile44 3.95 Zn O A:Gly45 4.16 Zn N A:Gly45 4.61 Zn HA2 A:Gly45 3.73 Zn C A:Gly45 3.94 Zn CA A:Gly45 3.47 Zn HA3 A:Gly45 2.50 Zn HG13 A:Ile86 3.38 Zn HG12 A:Ile86 4.08 Zn CD1 A:Ile86 4.39 Zn CG1 A:Ile86 4.14 Zn HD13 A:Ile86 4.71 Zn HD12 A:Ile86 3.70 Zn HB2 A:Glu88 2.83 Zn OE1 A:Glu88 3.08 Zn HG3 A:Glu88 2.08 Zn CB A:Glu88 2.64 Zn HB3 A:Glu88 2.12 Zn OE2 A:Glu88 4.46 Zn CD A:Glu88 3.32 Zn C A:Glu88 4.80 Zn CG A:Glu88 2.67 Zn CA A:Glu88 4.09 Zn HG2 A:Glu88 3.63 Zn HA A:Glu88 4.41 Zn N A:Gly89 4.42 Zn H A:Gly89 3.58 Zn HB2 A:Cys90 3.14 Zn N A:Cys90 4.40 Zn CB A:Cys90 3.44 Zn HB3 A:Cys90 4.09 Zn HA A:Cys90 4.57 Zn SG A:Cys90 2.30 Zn H A:Cys90 3.60 Zn CA A:Cys90 4.50 Zn CD2 A:His132 3.04 Zn HD1 A:His132 4.95 Zn CG A:His132 4.20 Zn HD2 A:His132 3.38 Zn NE2 A:His132 2.00 Zn HE1 A:His132 3.09 Zn ND1 A:His132 4.08 Zn CE1 A:His132 2.94 Zn OE1 A:Glu133 4.33 Zn HA A:Glu133 4.64 Zn CD2 A:His136 3.21 Zn HD1 A:His136 4.50 Zn CG A:His136 4.07 Zn HD2 A:His136 3.78 Zn NE2 A:His136 1.99 Zn HE1 A:His136 2.38 Zn ND1 A:His136 3.72 Zn CE1 A:His136 2.48 Zn C A:Ile44 4.70 Zn O A:Ile44 3.95 Zn HG13 A:Ile86 3.38 Zn HG12 A:Ile86 4.08 Zn CD1 A:Ile86 4.39 Zn CG1 A:Ile86 4.14 Zn HD13 A:Ile86 4.71 Zn HD12 A:Ile86 3.70 Zn HB2 A:Glu88 2.83 Zn OE1 A:Glu88 3.08 Zn HG3 A:Glu88 2.08 Zn CB A:Glu88 2.64 Zn HB3 A:Glu88 2.12 Zn OE2 A:Glu88 4.46 Zn CD A:Glu88 3.32 Zn C A:Glu88 4.80 Zn CG A:Glu88 2.67 Zn CA A:Glu88 4.09 Zn HG2 A:Glu88 3.63 Zn HA A:Glu88 4.41 Zn N A:Gly89 4.42 Zn H A:Gly89 3.58 Zn HB2 A:Cys90 3.14 Zn N A:Cys90 4.40 Zn CB A:Cys90 3.44 Zn HB3 A:Cys90 4.09 Zn HA A:Cys90 4.57 Zn SG A:Cys90 2.30 Zn H A:Cys90 3.60 Zn CA A:Cys90 4.50 Zn CD2 A:His132 3.04 Zn HD1 A:His132 4.95 Zn CG A:His132 4.20 Zn HD2 A:His132 3.38 Zn NE2 A:His132 2.00 Zn HE1 A:His132 3.09 Zn ND1 A:His132 4.08 Zn CE1 A:His132 2.94 Zn OE1 A:Glu133 4.33 Zn HA A:Glu133 4.64 Zn CD2 A:His136 3.21 Zn HD1 A:His136 4.50 Zn CG A:His136 4.07 Zn HD2 A:His136 3.78 Zn NE2 A:His136 1.99 Zn HE1 A:His136 2.38 Zn ND1 A:His136 3.72 Zn CE1 A:His136 2.48 Zn O A:Gly45 4.16 Zn N A:Gly45 4.61 Zn HA2 A:Gly45 3.73 Zn C A:Gly45 3.94 Zn CA A:Gly45 3.47 Zn HA3 A:Gly45 2.50 Zn HG13 A:Ile86 3.38 Zn HG12 A:Ile86 4.08 Zn CD1 A:Ile86 4.39 Zn CG1 A:Ile86 4.14 Zn HD13 A:Ile86 4.71 Zn HD12 A:Ile86 3.70 Zn HB2 A:Glu88 2.83 Zn OE1 A:Glu88 3.08 Zn HG3 A:Glu88 2.08 Zn CB A:Glu88 2.64 Zn HB3 A:Glu88 2.12 Zn OE2 A:Glu88 4.46 Zn CD A:Glu88 3.32 Zn C A:Glu88 4.80 Zn CG A:Glu88 2.67 Zn CA A:Glu88 4.09 Zn HG2 A:Glu88 3.63 Zn HA A:Glu88 4.41 Zn N A:Gly89 4.42 Zn H A:Gly89 3.58 Zn HB2 A:Cys90 3.14 Zn N A:Cys90 4.40 Zn CB A:Cys90 3.44 Zn HB3 A:Cys90 4.09 Zn HA A:Cys90 4.57 Zn SG A:Cys90 2.30 Zn H A:Cys90 3.60 Zn CA A:Cys90 4.50 Zn CD2 A:His132 3.04 Zn HD1 A:His132 4.95 Zn CG A:His132 4.20 Zn HD2 A:His132 3.38 Zn NE2 A:His132 2.00 Zn HE1 A:His132 3.09 Zn ND1 A:His132 4.08 Zn CE1 A:His132 2.94 Zn OE1 A:Glu133 4.33 Zn HA A:Glu133 4.64 Zn CD2 A:His136 3.21 Zn HD1 A:His136 4.50 Zn CG A:His136 4.07 Zn HD2 A:His136 3.78 Zn NE2 A:His136 1.99 Zn HE1 A:His136 2.38 Zn ND1 A:His136 3.72 Zn CE1 A:His136 2.48 Zn C A:Ile44 4.70 Zn O A:Ile44 3.95 Zn HG13 A:Ile86 3.38 Zn HG12 A:Ile86 4.08 Zn CD1 A:Ile86 4.39 Zn CG1 A:Ile86 4.14 Zn HD13 A:Ile86 4.71 Zn HD12 A:Ile86 3.70 Zn HB2 A:Glu88 2.83 Zn OE1 A:Glu88 3.08 Zn HG3 A:Glu88 2.08 Zn CB A:Glu88 2.64 Zn HB3 A:Glu88 2.12 Zn OE2 A:Glu88 4.46 Zn CD A:Glu88 3.32 Zn C A:Glu88 4.80 Zn CG A:Glu88 2.67 Zn CA A:Glu88 4.09 Zn HG2 A:Glu88 3.63 Zn HA A:Glu88 4.41 Zn N A:Gly89 4.42 Zn H A:Gly89 3.58 Zn HB2 A:Cys90 3.14 Zn N A:Cys90 4.40 Zn CB A:Cys90 3.44 Zn HB3 A:Cys90 4.09 Zn HA A:Cys90 4.57 Zn SG A:Cys90 2.30 Zn H A:Cys90 3.60 Zn CA A:Cys90 4.50 Zn CD2 A:His132 3.04 Zn HD1 A:His132 4.95 Zn CG A:His132 4.20 Zn HD2 A:His132 3.38 Zn NE2 A:His132 2.00 Zn HE1 A:His132 3.09 Zn ND1 A:His132 4.08 Zn CE1 A:His132 2.94 Zn OE1 A:Glu133 4.33 Zn HA A:Glu133 4.64 Zn CD2 A:His136 3.21 Zn HD1 A:His136 4.50 Zn CG A:His136 4.07 Zn HD2 A:His136 3.78 Zn NE2 A:His136 1.99 Zn HE1 A:His136 2.38 Zn ND1 A:His136 3.72 Zn CE1 A:His136 2.48 Zn C A:Ile44 4.70 Zn O A:Ile44 3.95 Zn O A:Gly45 4.16 Zn N A:Gly45 4.61 Zn HA2 A:Gly45 3.73 Zn C A:Gly45 3.94 Zn CA A:Gly45 3.47 Zn HA3 A:Gly45 2.50 Zn HG13 A:Ile86 3.38 Zn HG12 A:Ile86 4.08 Zn CD1 A:Ile86 4.39 Zn CG1 A:Ile86 4.14 Zn HD13 A:Ile86 4.71 Zn HD12 A:Ile86 3.70 Zn HB2 A:Glu88 2.83 Zn OE1 A:Glu88 3.08 Zn HG3 A:Glu88 2.08 Zn CB A:Glu88 2.64 Zn HB3 A:Glu88 2.12 Zn OE2 A:Glu88 4.46 Zn CD A:Glu88 3.32 Zn C A:Glu88 4.80 Zn CG A:Glu88 2.67 Zn CA A:Glu88 4.09 Zn HG2 A:Glu88 3.63 Zn HA A:Glu88 4.41 Zn N A:Gly89 4.42 Zn H A:Gly89 3.58 Zn HB2 A:Cys90 3.14 Zn N A:Cys90 4.40 Zn CB A:Cys90 3.44 Zn HB3 A:Cys90 4.09 Zn HA A:Cys90 4.57 Zn SG A:Cys90 2.30 Zn H A:Cys90 3.60 Zn CA A:Cys90 4.50 Zn CD2 A:His132 3.04 Zn HD1 A:His132 4.95 Zn CG A:His132 4.20 Zn HD2 A:His132 3.38 Zn NE2 A:His132 2.00 Zn HE1 A:His132 3.09 Zn ND1 A:His132 4.08 Zn CE1 A:His132 2.94 Zn OE1 A:Glu133 4.33 Zn HA A:Glu133 4.64 Zn CD2 A:His136 3.21 Zn HD1 A:His136 4.50 Zn CG A:His136 4.07 Zn HD2 A:His136 3.78 Zn NE2 A:His136 1.99 Zn HE1 A:His136 2.38 Zn ND1 A:His136 3.72 Zn CE1 A:His136 2.48 Zn C A:Ile44 4.70 Zn O A:Ile44 3.95 Zn O A:Gly45 4.16 Zn N A:Gly45 4.61 Zn HA2 A:Gly45 3.73 Zn C A:Gly45 3.94 Zn CA A:Gly45 3.47 Zn HA3 A:Gly45 2.50 Zn N A:Leu46 4.65 Zn O A:Leu46 4.47 Zn H A:Leu46 4.85 Zn HG13 A:Ile86 3.38 Zn HG12 A:Ile86 4.08 Zn CD1 A:Ile86 4.39 Zn CG1 A:Ile86 4.14 Zn HD13 A:Ile86 4.71 Zn HD12 A:Ile86 3.70 Zn HB2 A:Glu88 2.83 Zn OE1 A:Glu88 3.08 Zn HG3 A:Glu88 2.08 Zn CB A:Glu88 2.64 Zn HB3 A:Glu88 2.12 Zn OE2 A:Glu88 4.46 Zn CD A:Glu88 3.32 Zn C A:Glu88 4.80 Zn CG A:Glu88 2.67 Zn CA A:Glu88 4.09 Zn HG2 A:Glu88 3.63 Zn HA A:Glu88 4.41 Zn N A:Gly89 4.42 Zn H A:Gly89 3.58 Zn HB2 A:Cys90 3.14 Zn N A:Cys90 4.40 Zn CB A:Cys90 3.44 Zn HB3 A:Cys90 4.09 Zn HA A:Cys90 4.57 Zn SG A:Cys90 2.30 Zn H A:Cys90 3.60 Zn CA A:Cys90 4.50 Zn CD2 A:His132 3.04 Zn HD1 A:His132 4.95 Zn CG A:His132 4.20 Zn HD2 A:His132 3.38 Zn NE2 A:His132 2.00 Zn HE1 A:His132 3.09 Zn ND1 A:His132 4.08 Zn CE1 A:His132 2.94 Zn OE1 A:Glu133 4.33 Zn HA A:Glu133 4.64 Zn CD2 A:His136 3.21 Zn HD1 A:His136 4.50 Zn CG A:His136 4.07 Zn HD2 A:His136 3.78 Zn NE2 A:His136 1.99 Zn HE1 A:His136 2.38 Zn ND1 A:His136 3.72 Zn CE1 A:His136 2.48 Zn C A:Ile44 4.70 Zn O A:Ile44 3.95 Zn O A:Gly45 4.16 Zn N A:Gly45 4.61 Zn HA2 A:Gly45 3.73 Zn C A:Gly45 3.94 Zn CA A:Gly45 3.47 Zn HA3 A:Gly45 2.50 Zn N A:Leu46 4.65 Zn O A:Leu46 4.47 Zn H A:Leu46 4.85 Zn HG13 A:Ile86 3.38 Zn HG12 A:Ile86 4.08 Zn CD1 A:Ile86 4.39 Zn CG1 A:Ile86 4.14 Zn HD13 A:Ile86 4.71 Zn HD12 A:Ile86 3.70 Zn HB2 A:Glu88 2.83 Zn OE1 A:Glu88 3.08 Zn HG3 A:Glu88 2.08 Zn CB A:Glu88 2.64 Zn HB3 A:Glu88 2.12 Zn OE2 A:Glu88 4.46 Zn CD A:Glu88 3.32 Zn C A:Glu88 4.80 Zn CG A:Glu88 2.67 Zn CA A:Glu88 4.09 Zn HG2 A:Glu88 3.63 Zn HA A:Glu88 4.41 Zn N A:Gly89 4.42 Zn H A:Gly89 3.58 Zn HB2 A:Cys90 3.14 Zn N A:Cys90 4.40 Zn CB A:Cys90 3.44 Zn HB3 A:Cys90 4.09 Zn HA A:Cys90 4.57 Zn SG A:Cys90 2.30 Zn H A:Cys90 3.60 Zn CA A:Cys90 4.50 Zn CD2 A:His132 3.04 Zn HD1 A:His132 4.95 Zn CG A:His132 4.20 Zn HD2 A:His132 3.38 Zn NE2 A:His132 2.00 Zn HE1 A:His132 3.09 Zn ND1 A:His132 4.08 Zn CE1 A:His132 2.94 Zn OE1 A:Glu133 4.33 Zn HA A:Glu133 4.64 Zn CD2 A:His136 3.21 Zn HD1 A:His136 4.50 Zn CG A:His136 4.07 Zn HD2 A:His136 3.78 Zn NE2 A:His136 1.99 Zn HE1 A:His136 2.38 Zn ND1 A:His136 3.72 Zn CE1 A:His136 2.48 Zn C A:Ile44 4.70 Zn O A:Ile44 3.95 Zn O A:Gly45 4.16 Zn N A:Gly45 4.61 Zn HA2 A:Gly45 3.73 Zn C A:Gly45 3.94 Zn CA A:Gly45 3.47 Zn HA3 A:Gly45 2.50 Zn HG13 A:Ile86 3.38 Zn HG12 A:Ile86 4.08 Zn CD1 A:Ile86 4.39 Zn CG1 A:Ile86 4.14 Zn HD13 A:Ile86 4.71 Zn HD12 A:Ile86 3.70 Zn HB2 A:Glu88 2.83 Zn OE1 A:Glu88 3.08 Zn HG3 A:Glu88 2.08 Zn CB A:Glu88 2.64 Zn HB3 A:Glu88 2.12 Zn OE2 A:Glu88 4.46 Zn CD A:Glu88 3.32 Zn C A:Glu88 4.80 Zn CG A:Glu88 2.67 Zn CA A:Glu88 4.09 Zn HG2 A:Glu88 3.63 Zn HA A:Glu88 4.41 Zn N A:Gly89 4.42 Zn H A:Gly89 3.58 Zn HB2 A:Cys90 3.14 Zn N A:Cys90 4.40 Zn CB A:Cys90 3.44 Zn HB3 A:Cys90 4.09 Zn HA A:Cys90 4.57 Zn SG A:Cys90 2.30 Zn H A:Cys90 3.60 Zn CA A:Cys90 4.50 Zn CD2 A:His132 3.04 Zn HD1 A:His132 4.95 Zn CG A:His132 4.20 Zn HD2 A:His132 3.38 Zn NE2 A:His132 2.00 Zn HE1 A:His132 3.09 Zn ND1 A:His132 4.08 Zn CE1 A:His132 2.94 Zn OE1 A:Glu133 4.33 Zn HA A:Glu133 4.64 Zn CD2 A:His136 3.21 Zn HD1 A:His136 4.50 Zn CG A:His136 4.07 Zn HD2 A:His136 3.78 Zn NE2 A:His136 1.99 Zn HE1 A:His136 2.38 Zn ND1 A:His136 3.72 Zn CE1 A:His136 2.48 interactive model: